1 搞好病害产地检疫
      棉花良种厂、良种繁殖基地以及供种单位均需要在生长期进行产地检疫。凡种子生产田黄萎病病株率超过0.1%的，一律不得作为种子用；发病率低于0.1%的，要及时拔除病株。调入疫区的种子要进行抽样检查，使用带菌种子要先用多菌灵胶悬液处理14小时。
      2 选用抗病良种
      在防治黄萎病的措施中，选用抗病种子或耐病品种是经济、有效的。生产上可采用中棉所45、SGK321、鲁棉研18等品种。
      3 带菌种子处理
      硫酸脱除短绒后每公斤用五氯硝基苯250毫升拌种或直接应用药剂浸种。现普遍应采用的是种子包衣装袋的方法，比较简便使用。
      4 棉田轮作倒茬
      轮作倒茬是防病的最有效的措施。尽管黄萎病菌的寄主植物有很多，但禾本科的小麦、大麦、玉米、水稻、高粱、谷子等都不受黄萎病菌为害。轮作方式可为棉花——小麦——玉米——棉花。一般在重病年份经一年轮作，可减少发病率13% ~ 26%，二年轮作间少发病率37% ~ 48%。
      5 深翻棉田土壤
      棉花黄萎病菌主要分布在棉田0 ~ 20厘米耕作层的土壤中，而病菌侵染棉花的根系，有70% ~ 90%也集中在20厘米以上，只有10%在此以下。所以，土壤层次不翻耕、置换，黄萎病侵害势必加重。深翻土壤，除减少耕作层菌量，减少发病株率和减轻发病程度外，耕作层中的病株残体和致病菌在深层土壤也加速消解，对健化土壤有着重要意义。深翻20厘米比深翻10厘米发病株率下降22.5% ~ 25.0%，病情指数减轻10.62% ~ 16.88%，若翻耕深度加深30厘米以上，防病效果更为显著。
      6 使用无病净肥
      棉花黄萎病株以及其他600多种寄主植物病株残体，往往作为沤制有机肥料的材料，一般对病菌控制不利；未经充分腐熟和必要处理返施于棉田，等于人工向棉田接菌，发病株率可达84.8%。一经高温沤制，温度保持60 ℃，维持一周时间，病菌会相应的被杀死，施入棉田，无病株出现。
      棉籽饼和棉籽壳也带有大量病菌，不能直接作为肥料施入棉田。氮肥有抑制黄萎病菌生长的作用，钾肥有助于减轻病害，磷肥的作用取决于氮和钾的水平。一般以1 ∶　0.7　∶　1的配比，对控制病害、增加产量是适宜的。
      7 棉花灌排配套
      应改大水漫灌为细流沟灌，发病可降低50%，水流上游比下游发病轻。对黄萎病来说，及时排水可能更重要，要做到灌、排配套。
      8 清除病株残体
      减少土壤中黄萎病菌积累、繁衍的最有效方法，是将间苗、定苗和整枝打杈的枝叶及时携带出棉田以外集中处理；及时清除棉田中的残枝落叶，就地或田外集中烧毁，发病株率可降低31.2% ~ 50.3%，效果显著。