本发明公开了一种枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌株PHYDG1,己保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心,保藏编号为CGMCC No.13037。还公开了利用PHYDG1菌株生产的微生物菌剂。本发明PHYDG1菌株降解有机磷效果好,提高了土壤肥效,并且对棉花黄萎病、枯萎病和立枯病的三种病原菌抑菌效果好,抑菌谱广;本发明微生物菌剂对人、畜安全,没有环境污染问题,并且制备方法简单、成本低、使用简单。