本发明提供了一种评价转基因植物对其内生微生物影响的方法。其中，分离植物内生微生物的方法包括如下步骤：1)采集目标大小的所述植物，将所述植物的整株植株浸入第一消毒液中进行整体消毒，得到消毒植株；2)从所述消毒植株上获取待分离所述内生菌的部位组织；3)向放有所述组织的容器中加入含有烷基酚聚氧乙烯醚磺化琥珀酸酯的缓冲液，研磨之后得到组织研磨液；4)对所述组织研磨液中的微生物进行培养，以供后续分析。本发明的方法可用于评价转基因植物对其内生微生物的影响，特别是用于评价转基因植物例如转基因棉花在苗期对其内生微生物的影响。